การจำแนกหมวดหมู่ของสัตว์เลื้อยคลานในปัจจุบัน จากเดิมที่เคยมีมากถึง 12 กลุ่ม แต่ภายหลังจากการสูญพันธุ์อย่างกะทันหันของไดโนเสาร์
จึงเหลือกลุ่มของสัตว์เลื้อยคลานเพียงแค่ 4 กลุ่มเท่านั้น
และเป็นการจัดอันดับของสัตว์เลื้อยคลานตามแบบของ Hickman
et al., 198 ดังนี้
อันดับ Squamata
สัตว์เลื้อยคลานในอันดับนี้ มีผิวหนังเป็นเกล็ดปกคลุมร่างกายสำหรับป้องกันตัว
มีฟันเกาะอยู่กับขากรรไกร มีกระดูกสันหลังที่เว้าบริเวณด้านหน้า
ทวารหนักเป็นช่องตามแนวขวาง ได้แก่งูซึ่งมีจำนวนประมาณ 3,000 ชนิด และสัตว์เลื้อยคลานจำพวกลิซาร์ดหรือกิ้งก่าและงู
ซึ่งมีจำนวนประมาณ 3,800 ชนิด
อันดับ Testudines
สัตว์เลื้อยคลานในอันดับนี้ มีร่างกายที่มีสิ่งห่อหุ้ม
มีลักษณะเป็นแผ่นกระดูกที่เกิดจากชั้นผิวหนังเดอร์มิส ขากรรไกรไม่มีฟัน
กระดูกสันหลังและกระดูกซี่โครงเชื่อมต่อกันเป็นเนื้อเดียวกัน
เป็นโครงร่างหรือกระดองภายใน ทารหนักเป็นช่องตามแนวยาว
ได้แก่เต่าซึ่งมีจำนวนประมาณ 250 ชนิด
อันดับ Crocodilia
สัตว์เลื้อยคลานในอันดับนี้
มีกระดูกสันหลังที่มีลักษณะเว้าบริเวณด้านหน้า ขาคู่หน้ามักจะมีนิ้วเท้า 5 นิ้ว และขาคู่หลังมี 4 นิ้วเสมอ
ทวารหนักเป็นช่องตามแนวยาว ได้แก่จระเข้และแอลลิเกเตอร์ ซึ่งมีจำนวนประมาณ 25 ชนิด
อันดับ Rhynchocephalia
สัตว์เลื้อยคลานในอันดับนี้ มีกระดูกสันหลังที่เว้าทั้ง 2 ด้าน มีนัยน์ตาอยู่บริเวณกลางศีรษะ (Parietal
eye) ทวารหนักเป็นช่องตามแนวขวาง
ได้แก่ทัวทาราซึ่งเป็นสัตว์เลื้อยคลานเพียงชนิดเดียวในอันดับนี้
